Praca naukowa Kliniki Chorób Zakaźnych skoncentrowana jest wokół głównych zagadnień klinicznych:
- zakażenia HIV i chorych na AIDS
- ostre i przewlekłe choroby wątroby
- zakażenia OUN.

Prowadzone w Klinice badania koncentrują się nad:
- poznaniem patomechanizmów chorób zakaźnych
- poprawieniem metod diagnostycznych
- wypracowaniem skuteczniejszych metod leczenia.

Pracownicy Kliniki Chorób Zakaźnych AMG wnieśli swój istotny wkład w opracowanie m.in.:
- zasad immunizacji czynnej przeciwko zakażeniu HBV,
- nowych metod terapii antyretrowirusowej (ART),
- immunoterapii przewlekłych zapaleń wątroby,
- leczenia nieoperacyjnych guzów nowotworowych wątroby.